クリーンルームとは、空気清浄度が確保された部屋のことである。
電子工業用途で半導体集積回路、液晶パネル、プラズマパネル、マイクロマシンの製造工場においては必須となっている。これは集積回路の焼付け工程において、塵埃が隣接する回路との短絡、あるいは欠損を引き起こし不良が発生するため、清浄空間での作業が必要とされるからである。他に精密機械などの製造工場がクリーンルームとなっていることがある。
手術室、医薬品や化粧品の製造所（の一部）、滅菌医療機器の製造所や滅菌室などがクリーンルーム化されている。塵埃を排除すれば細菌類も排除できるため、手術室などを清浄化すれば細菌に起因する汚染を予防できるという考え方に基づいている。
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空中浮遊菌数と空気清浄度の5.0μm以上の粒子数はおよそ比例傾向(絶対評価ではない)にある事が多い為、クリーンルームとして空気中の浮遊微粒子数を制御している。但し、細菌類は単純に空気清浄度のみ制御すれば抑制できる物ではなく、定期的な殺菌消毒やクリーンルームの運営方法、人員の入退室方法を適切に管理する必要がある。
近年では殺菌消毒を行っても2時間程度で再度菌が発生する事が確認されている事例が多い為、殺菌消毒の必要性を疑問視する声が多い。